Atendendo a pedidos de muitos, o cPanel agora permite que o próprio cliente realize a ativação do certificado Let's Encrypt diretamente pelo cPanel.
Preparamos um artigo em nosso blog com o passo a passo de como realizar a ativação manualmente pelo cPanel https://blog.superthost.com/como-ativar-o-lets-encrypt-manualmente-pelo-cpanel.aspx
Lembrando que a ativação automatica continua funcionando.